ระบบน้ำในอควาเรียมต้องมีการปรับสภาพน้ำ และควบคุมค่าน้ำอยู่ตลอดเวลาไม่ว่าจะเป็นค่า pH, ค่าคลอรีน, ค่าออกซิเจน, ค่าความขุ่น และควบคุมอุณหภูมิในน้ำเพื่อรักษาสภาพของน้ำในอควาเรียมให้มีค่าน้ำที่สัตว์ทะเลสามารถอยู่ได้ในสภาพปกติ ไม่เกิดความเครียด